新疆兵团军垦博物馆位于石河子市城区北三路，是国家AAAA级旅游景区。1988年成立的石河子军垦博物馆筹备处是其前身;2004年，在石河子军垦博物馆的基础上，将石河子市市级文物保护单位"军垦第一楼"改扩建成为"新疆兵团军垦博物馆";2008年，向全社会免费开放。

新疆兵团军垦博物馆被新疆生产建设兵团命名为"兵团爱国主义、屯垦戍边传统教育基地";被中宣部命名为全国爱国主义教育示范基地，还是全国百家红色旅游经典景区之一;2016年12月，新疆兵团军垦博物馆入选《全国红色旅游景点景区名录》。

2017年5月官网显示，新疆兵团军垦博物馆总建筑面积9703平方米，收藏各类文物5000件 ，军垦文物4000件，其中有29件军垦文物被列为国家一级珍贵革命文物，3件被列为国家一级历史文物资料，2件被列为二级古代文物，24件被列为三级古代文物。2018年4月13日，入围"神奇西北100景"。

1988年9月30日，农八师石河子市文化局上报师市党委，申请成立石河子军垦博物馆筹备处;同年11月1日，师市党委批准文化局成立军垦博物馆筹备处。

1995年，军垦博物馆被农八师、石河子市人民政府命名为"农八师石河子市青少年爱国主义教育基地";10月，新疆兵团军垦博物馆正式开放。

2004年，在石河子军垦博物馆的基础上，将石河子市市级文物保护单位"军垦第一楼"改扩建成为"新疆兵团军垦博物馆";同年10月10日，新疆生产建设兵团成立五十周年之际开馆并举行了隆重的揭牌仪式，正式向全社会开放。

2006年，新疆兵团军垦博物馆被评为国家AAAA级旅游景区。

2008年，新疆兵团军垦博物馆向全社会免费开放。

2009年12月31日，正式闭馆进行第二次改扩建工程。

2010年5月1日，新疆兵团军垦博物馆历史文物展开馆，博物馆门前举行了隆重的二次陈改开馆仪式。

2015年10月25日，兵团党员教育示范培训基地揭牌仪式在新疆兵团军垦博物馆举行。