1982年
8月上旬大汛，红旗渠总干渠里岸倒塌淤塞严重，停水45天，国家投资46万元，进行抗洪抢险和水毁修复。
1988年
2月22日5时10分，位于红旗渠总干渠晋、豫交界处的北坪沟渡槽顶部，因人破坏被炸塌，渠墙酥松漏水，整个渠岸下沉，损失严重。
1989年
6月3日，国务院发文，批转水利部5月5日关于漳河水量分配方案的请示。分水方案实施后，红旗渠年引水量大幅减少。
1990年
4月5日，纪念红旗渠通水25周年大会在分水岭隆重举行，为红旗渠纪念碑揭碑。
11月8日，林县红旗渠灌区被水利部评为“全国先进灌区”。
12月6日，红旗渠管理处更名为红旗渠灌区管理局。
1992年
7月9日，红旗渠进行技术改造，工期5年，总投资7224万元。
8月22日凌晨4时28分，红旗渠总干渠盘阳段两处渠墙同时破炸，炸毁长度33米，60米严重裂缝，盘阳村遭到渠水袭击，损失惨重。救灾、抢险后，9月3日恢复通水。
9月30日，国务院召开水事协调会，会上决定设立海河水利委员会漳河上游管理局。
1993年
4月1日，红旗渠总干渠技改施工总指挥部举行全体成员会议。4月15日，总干渠停水，全线施工。
5月5日，红旗渠总干渠技改一期工程竣工通水。
1994年
4月2日，总干渠二期技改工程军民共建纪念碑揭碑暨竣工通水典礼在红旗渠渠首举行。
1995年
7月17日，红旗渠灌区被列为全国二十个重点灌区灌溉工程试点项目之一。
1996年
8月3日至4日，林州遭遇特大山洪，红旗渠全线不同程度受到破坏。
9月，红旗渠被命名为“全国中小学爱国主义教育基地”。
1997年
6月，红旗渠被命名为“全国爱国主义教育示范基地”。
1998年
11月，红旗渠以《人工天河》为题，编入五年制小学语文课本。
2002年
6月8日，红旗渠纪念馆开馆
7月17日，红旗渠游览区被评为2002年第二批国家4A级旅游区。
8月5日，红旗渠被国家旅游局确定为新中国成立以后唯一的红色旅游景区。
2004年
7月6日，红旗渠被国家水利部批准为“国家水利风景区”。
2006年
5月25日，红旗渠成为第六批全国重点文物保护。
2010年
5月18日，红旗渠被命名为“第一批全国廉政教育基地”。
2014年
6月26日凌晨3时许，总干渠赵所管理段35+700处出现坍塌。
7月26日，总干渠坍塌渠道应急通水管道竣工通水。
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